Sau khi xâm chiếm Champa và tàn phá kinh đô Vijaya, vua Lê Thánh Tông quyết định cắt phần đất Kauthara cũ từ đèo Cù Mông tới đèo Cả lập ra tiểu quốc Hoa Anh, phong vương cho chúa xứ này. Cả Hoa Anh, Panduranga, Jarai trở thành phiên thuộc của nhà Lê sơ.

Năm 1578, Lương Văn Chánh là tướng của chúa Nguyễn Hoàng cầm quân tiến vào Kauthara, vây và hạ Thành Hồ – thành kiên cố và đồ sộ nhất trong lịch sử Champa, nằm tại huyện Phú Hòa, phía Tây thành phố Tuy Hòa ngày nay - đẩy họ về cương giới cũ ở phía Nam đèo Cả. Trận đánh chỉ mới nhằm lập lại trật tự cũ, tuy nhiên Lương Văn Chánh cũng đã tiến thêm một bước trong việc đưa dân lưu tán vào khai khẩn miền đất này, rải rác từ phía Nam đèo Cù Mông đến đồng bằng sông Đà Diễn. Trong khoảng 10 năm cuối thế kỷ XVI và đầu thế kỉ XVII ,do cục diện Chiến tranh Lê–Mạc phân liệt, Panduranga từ phía Nam nhiều lần tái chiếm Kauthara, đuổi người Việt khỏi miền đất này.

Năm 1611, chúa Nguyễn Hoàng đã cử một viên tướng người Chăm, mà sử Việt gọi là Văn Phong, đánh chiếm hai huyện Đồng Xuân và Tuy Hoa để lập ra phủ Phú Yên, sau đổi thành dinh Trấn Biên. Sang năm 1653, nhân việc vua Chăm Pa là Po Nraop (Bà Tấm) quấy phá biên giới phía nam, chúa Nguyễn Phúc Tần đã gởi một đoàn quân sang tấn công Chăm Pa, tiến đến sông Phan Rang, bắt được vua Po Nraop đưa về Huế. Trên vùng đất cũ của tiểu vương quốc Kauthara chúa Nguyễn Phúc Tần lập ra hai phủ là Thái Khang (nay là Ninh Hòa và Vạn Ninh) và Diên Ninh (nay là Diên Khánh, Nha Trang, Cam Lâm và Cam Ranh). Vậỵ là vào năm 1653 Kauthara hoàn toàn bị sáp nhập vào lãnh thổ Đại Việt. Kauthara thất thủ, đền Po Nagar ở Nha Trang lọt vào vòng kiểm soát của nhà Nguyễn. Chính vì thế, vua Champa quyết định rước tượng Po Ina Nagar về Phan Rang để được thờ phụng trong một đền ở Mông Đức gần làng Hữu Đức (Phan Rang) bây giờ[66].